如何控制小龙虾病毒感染的问题，现在所获得的研究仍然是非常有限的。现有的研究结果，只能说明小龙虾体内有这些病毒存在，而这些病毒与小龙虾究竟是什么样的关系，尚缺乏深入研究。需要注意的是，关于这些可能诱发小龙虾病毒性疾病的病原生物与环境的关系也还缺乏研究。仅凭借现在已经获得的研究结果，还难以推测在已知的病毒中哪些种类是可能对小龙虾造成危害的。
病毒感染的危害
部分种类的病毒在小龙虾体内是广泛存在的，虽然在携带病毒的范围，地理位置方面，不同种群的小龙虾存在一些差异，但是，共同的特点是所有小龙虾体内携带病毒的比例都是很高的。例如，通常100%的小龙虾都可能携带有贵族螯虾杆状病毒（AaBV）。有些病毒可能对小龙虾是具有致病性的，如寄生于小龙虾肠道的核内杆状病毒，就可能具有高致病性。即使毒力比较低的病原生物，在恶劣的养殖环境中也可能引起小龙虾的疾病发生，或者对其正常的生长带来障碍，如CqBV就能导致生长迟缓的现象发生。在实验条件下，利用白斑综合征病毒（WSSV）人工感染的小龙虾，可以导致严重的死亡率。但是，WSSV对澳大利亚螯虾不同种群的致病性并不完全相同。人工感染试验结果表明，澳洲红螯螯虾容易受到WSSV的感染，但是受感染后的螯虾并不一定发病，在南美洲的小龙虾部分种群对WSSV就不易受感染。不过，关于澳大利亚螯虾不同种群对WSSV不同感受性的相关研究尚没有报道。
感染源
研究者们在濒临死亡的小龙虾体内已经分离到多种病毒，在没有发现其他主要病原生物时，认为这些病毒可能就是引起小龙虾出现死亡的致病生物。有人在做了比较长期的观察研究后发现，螯虾盖蒂病毒样病毒（Cheraxgiardiavirus-likevirus，CGV）的感染与孵化后8周的幼虾产生85%死亡率有关。因此，CGV的感染对螯虾养殖池塘中澳洲红螯螯虾（）幼虾的低存活率和体质不佳至少有部分关系。
预防措施
现在还没有治疗甲壳动物病毒病的有效方法，最好的对策就是严格管理措施，避免病毒感染虾群。在小龙虾养殖和病毒性疾病的防控方面，人们面临的一个严重问题就是处于天然环境中的小龙虾体内大多携带各种病毒性病原生物，养殖业者要获得无病毒感染的小龙虾种苗是比较困难的。如白斑综合征病毒、黄头杆状病毒、托拉病毒、肝胰腺细小病毒和杆状病毒等，这些病毒性病原生物在天然环境中的任何虾体内都是经常可以观察到的。而且，对虾养殖产业的持续，需要从天然条件下获得大量野生亲虾用于繁殖。因此，对虾养殖业者为了获得没有病毒感染的对虾苗种，需要借助先进的诊断技术，而且需要增加一定的生产成本。从这个方面来看，小龙虾的养殖业者如果能很好地把握小龙虾的生命周期，一旦在自己的养殖系统中放入适量的未被病毒感染的亲虾，就不需要从野外捕捞可能已经被病毒感染的野生亲虾补充，可以有效地避免因为补充亲虾而将病毒带入自己的养殖系统中。
传播途径
到现在为止，只有澳洲红螯螯虾杆状病毒（CqBV）和螯虾盖蒂病毒样病毒（CGV）等两种螯虾病毒的传播方式进行了比较深入研究。这两种病毒都是经口传播的，可以饲喂被病毒感染的组织或者吞食有病毒附着的粒状物质而完成感染过程。不带病毒的澳洲红螯螯虾卵在水质良好（无病毒）的小型孵化池中孵化，并在水质良好的培育池中培育而成为幼虾。这样就可以有效地避免病毒性病原生物在小龙虾中传播，所谓的无特异性病原生物（SPF）的小龙虾也可以被这样生产出来。
控制措施
当然，对于小龙虾水产养殖系统而言，带病毒的亲虾并不是传播病毒性疾病的唯一传染源。其他的传染源还包括供水水源中的病毒、环境中的带病毒宿主（如野生螯虾，其他携带的病原生物能感染养殖小龙虾的甲壳纲动物甚至水生昆虫等）。在小龙虾养殖过程中，放养无病原生物的虾苗，并且进行严密的检疫控制和科学管理，已经被证明是十分有效控制病毒疾病的措施。小龙虾的病毒性疾病主要是水平传播，经口感染，即由病虾排除的粪便带有病毒，污染了
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